Методами атомно-силовой микроскопии (АСМ) исследовались топография и локальная твердость протравленных поверхностей слоев термического окисла SiO$$₂, содержащих в объеме нанокристаллы Si. Нанокристаллы Si (Si-НК) были получены имплантацией в окисел ионов Si$+$ с последующим высокотемпературным отжигом. Показано, что применение селективного травления, удаляющего материал окисла, позволяет выявлять Si-НК, которые проявляются в рельефе протравленных поверхностей в виде нанобугорков высотой до 2--3 нм. Эти значения примерно соответствуют среднему радиусу Si-НК в слое окисла SiO$$₂. Независимое подтверждение наблюдения Si-НК было получено при сопоставлении топографии протравленных поверхностей с полученными для них картами локальной твердости, в которых бугорки Si-НК проявляются как места поверхности с меньшей твердостью. В работе также наблюдалось фазовое выделение имплантированного Si в виде протяженных кластеров плоской формы, ориентированных в толще окисла параллельно его поверхности. Найденный способ выявления встроенных в окисел Si-НК и кластеров открывает удобную возможность изучения закономерностей зародышевого роста и спинодального распада в твердом растворе Si в окисле SiO$$₂.