Разработка алгоритмов сегментации в голографической микроскопии и томографии для определения морфологических параметров клеток
AVB acknowledges the support of the Council of the President of Russian Federation for Support of Young Scientists and Scientific Schools (Project No. SP-2349.2019.4).
Белашов А.В.1, Горбенко Д.А.1,2, Жихорева А.А.1, Беляева Т.Н.3, Корнилова Е.С.3, Семенова И.В.1, Васютинский О.С.1
1Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе РАН, Санкт-Петербург, Россия
2Университет ИТМО, Санкт-Петербург, Россия
3Институт цитологии Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
Email: belashov.andrey.93@gmail.com
Поступила в редакцию: 15 июля 2019 г.
Выставление онлайн: 20 октября 2019 г.
Разработаны алгоритмы сегментации клеток на двумерных фазовых изображениях и трехмерных распределениях показателя преломления, полученных соответственно методами цифровой голографической микроскопии и томографии. Алгоритмы оптимизированы для определения морфологических параметров клеток, в том числе объема, площади проекции, площади поверхности. Проведен сравнительный анализ погрешности определения объема клеток голографическими методами с использованием разработанных алгоритмов сегментации и эталонным методом конфокальной флуоресцентной микроскопии. Ключевые слова: голографическая микроскопия, голографическая томография, морфологические характеристики клеток, сегментация клеток.
- Hu Y., Murphy R.F. // J. Immunolog. Meth. 2004. V. 290. N 1-2. P. 93--105
- Huang B., Bates M., Zhuang X. //Annu. Rev. Biochem. 2009. V. 8. N 1. P. 993--1016
- Sherwin T., Brookes N.H. // Clin. Exp. Ophthalmol. 2004. V. 32. N 2. P. 211--217
- Zhikhoreva A.A., Belashov A.V., Bespalov V.G., Semenov A.L., Semenova I.V., Tochilnikov G.V., Zhilinskaya N.T., Vasyutinskii O.S. // Biomed. Opt. Express. 2018. V. 9. N 11. P. 5817--5827
- Blatter L.A. // Meth. Enzymology. 1999. V. 307. P. 274--295
- Icha J., Weber M., Waters J.C., Norden C. // BioEssays. 2017. V. 39. N 8. P. 1700003
- Belashov A.V., Zhikhoreva A.A., Bespalov V.G., Novik V.I., Zhilinskaya N.T., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. // J. Opt. Soc. Am. B. 2017. V. 34. N 12. P. 2538--2543
- Meyer F. // Signal Process. 1994. V. 38. P. 113--125
- Belashov A.V., Petrov N.V., Semenova I.V. // Appl. Opt. 2016. V. 55. N 1. P. 81--88
- Kujawinska M., Krauze W., Baczewska M., Kus A., Ziemczonok M. // Quantitative Phase Imaging V. 2019. V. 10887. P. 1088708
Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.
Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.
