Для реализации массового параллельного секвенирования нуклеиновых кислот требуется обеспечение равномерного заполнения микрофлюидного чипа (МФЧ) проточной ячейки реагентами. Эффективность использования МФЧ в значительной степени определяется топологией его каналов, которая должна обеспечивать рациональное использование доступной площади, и гидродинамическими условиями. Представлено обоснование выбора трех топологий МФЧ на основе результатов численного моделирования процессов массопереноса. Методом ксурографии изготовлены соответствующие МФЧ. На основании экспериментальных исследований процессов массопереноса в изготовленных МФЧ при различных параметрах движения жидкости выбрана предпочтительная топология. Ключевые слова: секвенирование ДНК, численное моделирование, массоперенос, микрофлюидика.