Вышедшие номера
Home » Журнал технической физики » Год 2008, выпуск 6 » Статья стр. 90
<<<>>>
Анализ капиллярно-электрофоретических систем секвенирования ДНК
Степухович А.1, Цуприк А.1, Кособокова О.1, Гаврилов Д.1, Горбовицкий Б.1, Гудков Г.1, Тышко Г.1, Черевишник М.1, Горфинкель В.1
1Университет штата Нью-Йорк, Кафедра электроники и компьютерной техники, Стони Брук, США
Email: stepukhovich@mail.ru
Поступила в редакцию: 5 июня 2007 г.
Выставление онлайн: 20 мая 2008 г.
PDF версия
Предложен метод характеризации и оптимизации систем секвенирования ДНК, основанных на капиллярном электрофорезе. Разработана модель, учитывающая взаимосвязь между длиной прочтения нуклеотидной последовательности и такими параметрами секвенирующих систем, как свойства разделяющей среды, длина капилляра, время инжекции, концентрация инжектированного образца ДНК, чувствительность детектирования, системный шум и мощность лазерного излучения. Оптимизация ДНК секвенирующих систем позволит определять наилучшие режимы пробоподготовки, инжекции и разделения, позволяющие прочитывать последовтельности требуемой длины. Предложенный метод применен для характеристики капиллярно-электрофоретических секвенирующих систем, использующих метод детектирования одиночных фотонов. PACS: 82.45.Wx
  1. Tillib S.V., Mirzabekov A.D. // Current Opinion in Biotechnology. 2001. Vol. 12. P. 53
  2. Shendure J., Mitra R.D., Varma C., Church G.M. // Nat. Rev. Genet. 2004. Vol. 5. P. 335
  3. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. Vol. 74. P. 5463
  4. Lagally E.T., Emrich C.A., Mathies R.A. // Lab Chip. 2001. Vol. 1. P. 102
  5. Koutny L., Schmalzing D., Salas-Solano O., El Difrawy S., Adourian A., Buonocore S., Abbey K., McEwan P., Matsudaira P., Ehrlich D. // Anal. Chem. 2000. Vol. 72. P. 3388
  6. Khrapko K.R., Lysov Y., Khorlyn A.A., Shick V.V., Florentiev V.L., Mirzabekov A.D. // FEBS Lett. 1989. Vol. 256. P. 118
  7. Lipshutz R.J., Morris D., Chee M., Hubbell E., Kozal M.J., Shah N., Shen N., Yang R., Fodor S.P.A. // Biotechniques. 1995. Vol. 19. P. 442
  8. Drmanac S., Kita D., Labat I., Hauser B., Schmidt C., Burczak J.D., Drmanac R. // Nature Biotechnology. 1998. Vol. 16. P. 54
  9. Patil N., Berno A.J., Hinds D.A., Barrett W.A., Doshi J.M., Hacker C.R., Kautzer C.R., Lee D.H., Marjoribanks C., McDonough D.P., Nguyen B.T., Norris M.C., Sheehan J.B., Shen N., Stern D., Stolowski R.P., Thomas D.J., Trulson M.O., Vyas K.R., Frazer K.A., Fodor S.P., Cox D.R. // Science. 2001. Vol. 294. P. 1719
  10. Ronaghi M., Karamohamed S., Pettersson B., Uhlen M., Nyren P. // Anal. Biochem. 1996. Vol. 242. P. 84
  11. Mitra R.D., Church G.M. // Nucleic Acids Res. 1999. Vol. 27. P. 34
  12. Westin L., Xu X., Miller C., Wang L., Edman C.F., Nerenberg M. // Nat. Biotechnol. 2000. Vol. 18. P. 199
  13. Ronaghi M. // Genome Research. 2001. Vol. 11. P. 3
  14. Pourmand N., Elahi E., Davis R.W., Ronaghi M. // Nucleic Acids Research. 2002. Vol. 30. P. 31
  15. Mitra R.D., Shendure J., Olejnik J., Edyta K.O., Church G.M. // Anal. Biochem. 2003. Vol. 320. P. 55
  16. Dressman D., Yan H., Traverso G., Kinzler K.W., Vogelstein B. // Proc. National Academy of Sci. 2003. Vol. 100. P. 8817
  17. Leamon J.H., Lee W.L., Tartaro K.R., Lanza J.R., Sarkis G.J., de Winter A.D., Berka J., Lohman K.L. // Electrophoresis. 2003. Vol. 24. P. 3769
  18. Kartalov E.P., Quake S.R. // Nucleic Acids Research. 2004. Vol. 32. P. 2873
  19. Korlach J., Levene M., Turner S.W., Larson D.R., Foquet M., Craighead H.G., Webb W.W. // Biophys. J. 2001. Vol. 80. P. 147A
  20. Levene M.J., Korlach J., Turner S.W., Foquet M., Craighead H.G., Webb W.W. // Science. 2003. Vol. 299. P. 682
  21. Braslavsky I., Hebert B., Kartalov E., Quake S.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. Vol. 100. P. 3960
  22. Meller A., Nivon L., Brandin E., Golovchenko J., Branton D. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 1079
  23. Deamer D.W., Akeson M. // Trends in Biotechnology. 2000. Vol. 18. P. 147
  24. Winters-Hilt S., Vercoutere W., DeGurman V.S., Deamer D., Akeson M., Haussler D. // Biophys. J. 2003. Vol. 84. P. 967
  25. Luckey J.A., Norris T.B., Smith L.M. // J. Phys. Chem. 1993. Vol. 97. P. 3067
  26. Heller C. // Electrophoresis. 2000. Vol. 21. P. 593
  27. Ewing B., Hillier L., Wendl M., Green P. // Genome Research. 1998. Vol. 8. P. 175
  28. Ewing B., Green P. // Genome Research. 1998. Vol. 8. P. 186
  29. Alaverdian L., Alaverdian S., Bilenko O., Bogdanov I., Filippova E., Gavrilov D., Gorbovitski B., Gouzman M., Gudkov G., Domratchev S., Kosobokova O., Lifshitz N., Luryi S., Rushovoloshin V., Stepoukhovitch A., Tcherevishnick M., Tyshko G., Gorfinkel V. // Electrophoresis. 2002. Vol. 23. P. 2804
  30. Gavrilov D.N., Gorbovitski B., Gouzman M., Gudkov G., Stepoukhovitch A., Ruskovoloshin V., Tsuprik A., Tyshko G., Bilenko O., Kosobokova O., Luryi S., Gorfinkel V. // Electrophoresis. 2003. Vol. 24. P. 1184
  31. Heller C. // Electrophoresis. 1999. Vol. 20. P. 1962
  32. Cussler E.L. // Diffusion: Mass Transfer in Fluid Systems. Cambridge: Cambridge University Press, 1984

Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.

Учредители

Издатель

© 2024 Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе Российской академии наук
Powered by webapplicationthemes.com - High quality HTML Theme