"Журнал технической физики"
Издателям
Вышедшие номера
Математическое моделирование взаимодействия белковых молекул и прогнозирование их реакционной способности
Куликов К.Г., Кошлан Т.В.1
1Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
Email: kulikov.kirill.g@gmail.com
Поступила в редакцию: 24 февраля 2016 г.
Выставление онлайн: 19 сентября 2016 г.

Разработана физическая модель взаимодействия белковых молекул. Изучены закономерности их реакционных способностей с использованием методов электростатики на примере изучения двух гистоновоых димеров H2A--H2B и H3--H4, собранных из мономеров. Представлены моделирование образования гистоновых димеров из различных мономеров и анализ их способности к образованию устойчивых соединений посредством анализа матрицы потенциальной энергии с использованием числа обусловленности. Приведены результаты расчетов моделирования процессов электростатического взаимодействия образования димеров из полных аминокислотных последовательностей выбранных белков и их укороченных аналогов. Расчеты выполнены с учетом экранирования электростатического заряда заряженных аминокислот при различных концентрациях одновалентной соли с использованием теории Гуи--Чепмена.
  • Куликов К.Г., Кошлан Т.В. // ЖТФ. 2015. Т. 5. N 5. C. 5--11
  • Hong Q. // Biophysical J. 2008. Vol. 95. P. 10--17
  • William D. et al. // Anal. Chem. 2008. Vol. 80. P. 3270--3276
  • Bar-Even A. et al. // Biochemistry. 2011. Vol. 50. P. 4402--4410
  • Biro J.C. // Theor. Biol. Med. Model. 2006. Vol. 3. N 15
  • Bernardes N. // Nuovo Cimento. 1959. Vol. 11. N 5. P. 628--634
  • Tanaka S., Scheraga H.A. // Macromolecules. 1976. Vol. 9. P. 945--950
  • Tanaka S., Scheraga H.A. // Macromolecules. 1976. Vol. 9. P. 945--950
  • Miyazawa S., Jernigan R.L. // Macromolecules. 1985. Vol. 18. P. 534--552
  • Miyazawa S., Jernigan R.L. // J. Mol. Biol. 1996. Vol. 256. P. 623--644
  • Miyazawa S., Jernigan R.L. // J. Chemical Physics. 2005. Vol. 122. P. 024901-1-024901-18
  • Dias R., Lindman B. DNA Interactions with Polymers and Surfactans.John Wiley \& Sons, Inc. 2008
  • Mazurkiewicz J., Kepert F.J., Rippe K. // J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281. N 24. P. 16462--16472
  • Fenley A.T., Adams D.A., Onufriev A.V. // Biophys. J. 2010. Vol. 99. P. 1577--1585
  • Cindy L. Whiteet et. al.// The EMBO J. 2001. Vol. 20. N 18. P. 5207--5218
  • Гращенков С.И. // ЖТФ. 2011. Т. 81. N 7. C. 13--117
  • Davis M.H. // Quart. J. Mech. and Appl. Meth. 1964. Vol. 17. N 4. P. 499-511
  • Davis M.H. Two charged spherical conductors in a uniform electric field: Forces and field strength. Rand. Corp. Memorandum RM-3860-PR. 1964
  • Саранин В.А. // УФН. 1999. Т. 169. N 4. С. 453--458
  • Саранин В.А. // УФН. 2002. Т. 172. N 12. С. 1449--1454
  • Смайт В. Электростатика и электродинамика. М.: ИЛ, 1954
  • Духин С.С. Диэлектрические явления и двойной слой в дисперсных системах и полиэлектролитах. Киев: Наук. думка, 1972
  • Keith B. Oldham // J. Electroanalytical Chem. 2008. Vol. 613. P. 131--138
  • Masliyah J.H., Bhattacharjee S. Electrokinetic and Colloid Transport Phenomena. John Wiley \& Sons, Inc. 2006
  • Gerstein M. \& Richards F.M. Protein Geometry: Volumes, Areas, and Distances. Yale University, 1977
  • Douglas D.B., Gloss L.M. // Biochemistry. 2003. Vol. 42. N 22. P. 6827--6839
  • Brandon J.P., Gloss L.M. // Biochemistry. 2002. Vol. 41. N 50. P. 14960--14968
  • Lisa M. et al. // Biochemistry. 2002 Vol. 41. N 50. P. 14951--14959
  • Karantza V.I. et al. // Biochemistry. 1996. Vol. 35. N 6. P. 2037--46
  • Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

    Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.