Вышедшие номера
Home » Журнал технической физики » Год 2018, выпуск 8 » Статья стр. 1137
<<<>>>
Математическое моделирование линейного докинга. I. Определение участков связывания между белковыми молекулами
DOI: 10.21883/JTF.2018.08.46301.2573
Переводная версия: 10.1134/S1063784218080108
Куликов К.Г.1, Кошлан Т.В.2
1Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Санкт-Петербург, Россия
2Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
Email: kulikov.kirill.g@gmail.com
Поступила в редакцию: 29 ноября 2017 г.
Выставление онлайн: 20 июля 2018 г.
PDF версия
Представлены результаты математического моделирования взаимодействия различных аминокислотных последовательностей белков Mdm2, Р53 и Nap1, согласно разработанным алгоритмам, с помощью которых были идентифицированы участки связывания различных белков при образовании ими биологических комплексов: Р53-Mdm2, Mdm2-Mdm2, Nap1-Nap1. Разработанный подход позволит определять активные участки связывания полипептидных цепей различных белков, а также подбирать и синтезировать высокоселективные пептиды, которые будут связываться в активном центре белка и приводить к его активированию или ингибированию и блокировке его биологических функций.
  1. Системная компьютерная биология / Коллектив авторов. Монография. Новосибирск: Издательство СО РАН, 2008. 769 с
  2. Betts M.J., Sternberg M.J. // Protein Eng. 1999. V. 12. P. 271-283
  3. Пырков Т.В., Озеров И.В., Балицкая Е.Д., Ефремов Р.Г. // Биоорг. химия. 2010. Т. 36. N 4
  4. Электронный ресурс. Режим доступа: http://www.uniprot.org/ (дата обращения 05.11.2017)
  5. Thierry Soussi // EMBO Rep. 2010. Vol. ll. N ll. P. 822-826
  6. Yingjuan Q., Xinbin C. // Methods Mol Biol. 2013. Vol. 965. P. 37-61
  7. Zambetti G.P. The p53 Tumor Suppressor Pathway and Cancer. Springer, 2005
  8. Yin Y., Solomon G., Deng C., Barrett J.C. // Mol. Carcinog. 1999. V. 24. N 1. P. 15-24
  9. Manfredi J.J. // Genes. Dev. 2010. Vol. 24. N 15. P. 1580-1589
  10. Park Y.J., Luger K. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. Vol. 103. N 5. P. 1248-1253
  11. Leslie P.L., Ke H., Zhang Y. // J. Biol. Chem. 2015. Vol. 290. N 20. P. 12941-12950
  12. Jayne Loughery J., Meek D. // BioDiscovery. Vol. 8. N I. P. 1-20
  13. Freedman Deborah A., Arnold J.L. // Mol. Cell. Biol. 1998. Vol. 18. N 12. P. 7288-7293
  14. Dingding Shi, Wei G. // Genes. Cancer. 2012. Vol. 3. N 3-4. P. 240-248
  15. Grossman S.R., Perez М., Kung A.L., Joseph М., Mansur C., Zhi-Xiong X., Sushant K., Livingston D.M. // Mol. Cell. 1998. Vol. 2. N 4. P. 405-415
  16. Petrenko O. // M0I. Cancer. Res. 2003. Vol. l. N 14. P. 1001-1008
  17. Golestanian S., Sharifi A., Popowicz G.M., Azizian H., Foroumadi A., Szwagierczak A., Holak T.A., Amanlou M. // Life. Sci. 2016. Vol. 145. P. 240-246
  18. Poyurovsky M.V., Priest С., Kentsis A., Borden K.L., Pan Z.Q., Pavletich N., Prives C. // EMBO J. 2007. Vol. 26. N 1. P. 90-101
  19. Zlatanova J., Seebart C., Tomschik M. // FASEB J. 2007. Vol. 21. N 7. P. 1294-1310
  20. Jiandong C. // Transl. Cancer. Res. 2016. Vol. 5. N 6. P. 639-649
  21. Fenley A.Т., Adams D.A., Onufriev A.V. // Biophys. J. 2010. Vol. 99. P. 1577-1585
  22. Семчиков Ю.Д. Высокомолекулярные соединения. М.: Академия, 2010
  23. Gerstein М., Richards F.M. Protein Geometry: Volumes, Areas, and Distances. Yale University, 1977
  24. Biro J.C. // Theoterical Biology and Medical Modelling. 2006. Vol. 3. N 15. P. 1-12
  25. Almazov A.B. Probabilistic Methods in the Theory of Polymers M.: Science, 1971
  26. Ryskin Ya.I. Hydrogen Bond and Structure of Hydrosilicates. L.: Science, 1972
  27. Kulikov K.G., Koshlan T.V. // Technical Physics. 2001. Vol. 61. N 10. P. 1572-1579
  28. Саранин В.A. // УФН. 1999. Т. 169. С. 453-458
  29. Саранин B.A. // УФН. 2002. Т. 172. С. 1449-1454
  30. Саранин В.А. // УФН. 2010. Т. 180. С. 1109-1117
  31. Смайт В. Электростатика и электродинамика. Перевод со второго американского издания А.В. Гапонова и М.А. Миллера. M.: ИЛ, 1954
  32. Щерба Е.А., Григорьев А.И., Коромыслов В.А. // ЖТФ. 2002. Т. 72. Вып. 1. С. 15-19
  33. Вержбицкий В.М. Вычислительная линейная алгебра. М.: Высшая школа, 2009
  34. Демиденко Е.З. Линейная и нелинейная регрессии. М.: Финансы и статистика. 1981.

Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.

Учредители

Издатель

© 2024 Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе Российской академии наук
Powered by webapplicationthemes.com - High quality HTML Theme