Вышедшие номера
Моделирование влияния точечных мутаций на устойчивость белковых димеров на примере семейства белков Bcl-2
Переводная версия: 10.1134/S1063784220040131
Кошлан T.B.1, Куликов K.Г.2
1Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
2Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Санкт-Петербург, Россия
Email: kulikov.kirill.g@gmail.com
Поступила в редакцию: 3 июня 2019 г.
В окончательной редакции: 3 июня 2019 г.
Принята к печати: 31 июля 2019 г.
Выставление онлайн: 20 марта 2020 г.

Pазработан новый метод, который позволит синтезировать пептиды с заданными физико-химическими свойствами, например, с высокой аффинностью к одному целевому белку, добиваясь низкой аффинности к другим белкам, и определять устойчивость белковых комплексов при точечных заменах аминокислотных остатков с учетом трехмерной структуры комплекса на примере семейства белков Bcl2, тем самым добиваясь точечной терапевтической избирательности при лечении различных патологий. Ключевые слова: константа диссоциации, трехмерная структура, энтропия, аминокислотный остаток.
  1. Yoshihiro Yoshitake, Daiki Fukuma, Akira Yuno, Masatoshi Hirayama, Hideki Nakayama, Takuya Tanaka, Masashi Nagata, Yasuo Takamune, Kenta Kawahara, Yoshihiro Nakagawa, Ryoji Yoshida, Akiyuki Hirosue, Hidenao Ogi, Akimitsu Hiraki, Hirofumi Jono, Akinobu Hamada, Koji Yoshida, Yasuharu Nishimura, Yusuke Nakamura, Masanori Shinohara. Phase II Clinical Trial of Multiple Peptide Vaccination for Advanced Head and Neck Cancer Patients Revealed Induction of Immune Responses and Improved OS // Clin. Cancer Res. 2015. Vol. 21. N 2. P. 312-321
  2. Системная компьютерная биология/Коллектив авторов. Новосибирск: СО РАН, 2008. 769 с
  3. Betts M.J., Sternberg M.J. // Protein Eng. 1999. Vol. 12. P. 271-283
  4. Пырков Т.В., Озеров И.В., Балицкая Е.Д., Ефремов Р.Г. // Биооргaн. химия. 2010. Т. 36. N 4. С.482-492
  5. Morris R.J., Najmanovich R.J., Kahraman A., Thornton J.M. // Bioinformatics. 2005. Vol. 21. N 10. P. 2347-2355
  6. Демчук О.Н., Карпов П.А., Блюм Я.Б. // Цитология и генетика. 2012. N 3. С. 55-64
  7. Haiming D., Meng X.W., Scott H., Kaufmann S.H. // Cancer. Transl. Med. 2016. Vol. 2. N 1. P. 7-20
  8. Dewson G. // The Open Cell Signaling J. 2011. Vol. 3. P. 3-8
  9. Bhat V., Olenick M.B., Schuchardt B.J., Mikles D.C., McDonald C.B., Farooq A. // Biopolymers. 2014. Vol. 101. N 6. P. 573-582
  10. Protein data bank --- URL: https://www.rcsb.org/ (дата обращения 17.04.2019)
  11. Fenley A.T., Adams D.A., Onufriev A.V. // Biophys. J. 2010. Vol. 99. N 5. P. 1577-1585
  12. Dijk E., Hoogeveen A., Abeln S. // PLOS Comput. Biol. P. 1-17
  13. Paige C.C. Van Dooren P. On the Quadratic Convergence of Kogbetliantz's Algorithm for Computing the Singular Value Decomposition. Linear Algebra and Its Applications. 1985. Vol. 77. P. 301-313
  14. Koshlan T.V., Kulikov K.G. Mathematical Modeling of Protein Complexes. Springer-Nature, 2018. P. 367
  15. Ku B., Liang C., Jung J.U., Oh B.H., Bonsu Ku., Chengyu L., Jae U.J., Byung-Ha O. // Cell Research. 2011. Vol. 21. P. 627-641
  16. Тырсин А.Н., Калев О.Ф., Яшин Д.А., Лебедева О.В. // Математическая биология и биоинформатика. 2015. Т. 10. N 1. С. 206-219
  17. Автореф. канд. дис. Лебедева О.В. Энтропийное моделирование динамики многомерных стохастических систем. Челябинск, 2015
  18. Cover T.M., Thomas J.A. Elements of Information Theory. NY.: Wiley, 1991. 563 p.

Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.