Моделирование влияния точечных мутаций на устойчивость белковых димеров на примере семейства белков Bcl-2
Кошлан T.B.1, Куликов K.Г.2
1Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
2Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Санкт-Петербург, Россия
Email: kulikov.kirill.g@gmail.com
Поступила в редакцию: 3 июня 2019 г.
В окончательной редакции: 3 июня 2019 г.
Принята к печати: 31 июля 2019 г.
Выставление онлайн: 20 марта 2020 г.
Pазработан новый метод, который позволит синтезировать пептиды с заданными физико-химическими свойствами, например, с высокой аффинностью к одному целевому белку, добиваясь низкой аффинности к другим белкам, и определять устойчивость белковых комплексов при точечных заменах аминокислотных остатков с учетом трехмерной структуры комплекса на примере семейства белков Bcl2, тем самым добиваясь точечной терапевтической избирательности при лечении различных патологий. Ключевые слова: константа диссоциации, трехмерная структура, энтропия, аминокислотный остаток.
- Yoshihiro Yoshitake, Daiki Fukuma, Akira Yuno, Masatoshi Hirayama, Hideki Nakayama, Takuya Tanaka, Masashi Nagata, Yasuo Takamune, Kenta Kawahara, Yoshihiro Nakagawa, Ryoji Yoshida, Akiyuki Hirosue, Hidenao Ogi, Akimitsu Hiraki, Hirofumi Jono, Akinobu Hamada, Koji Yoshida, Yasuharu Nishimura, Yusuke Nakamura, Masanori Shinohara. Phase II Clinical Trial of Multiple Peptide Vaccination for Advanced Head and Neck Cancer Patients Revealed Induction of Immune Responses and Improved OS // Clin. Cancer Res. 2015. Vol. 21. N 2. P. 312-321
- Системная компьютерная биология/Коллектив авторов. Новосибирск: СО РАН, 2008. 769 с
- Betts M.J., Sternberg M.J. // Protein Eng. 1999. Vol. 12. P. 271-283
- Пырков Т.В., Озеров И.В., Балицкая Е.Д., Ефремов Р.Г. // Биооргaн. химия. 2010. Т. 36. N 4. С.482-492
- Morris R.J., Najmanovich R.J., Kahraman A., Thornton J.M. // Bioinformatics. 2005. Vol. 21. N 10. P. 2347-2355
- Демчук О.Н., Карпов П.А., Блюм Я.Б. // Цитология и генетика. 2012. N 3. С. 55-64
- Haiming D., Meng X.W., Scott H., Kaufmann S.H. // Cancer. Transl. Med. 2016. Vol. 2. N 1. P. 7-20
- Dewson G. // The Open Cell Signaling J. 2011. Vol. 3. P. 3-8
- Bhat V., Olenick M.B., Schuchardt B.J., Mikles D.C., McDonald C.B., Farooq A. // Biopolymers. 2014. Vol. 101. N 6. P. 573-582
- Protein data bank --- URL: https://www.rcsb.org/ (дата обращения 17.04.2019)
- Fenley A.T., Adams D.A., Onufriev A.V. // Biophys. J. 2010. Vol. 99. N 5. P. 1577-1585
- Dijk E., Hoogeveen A., Abeln S. // PLOS Comput. Biol. P. 1-17
- Paige C.C. Van Dooren P. On the Quadratic Convergence of Kogbetliantz's Algorithm for Computing the Singular Value Decomposition. Linear Algebra and Its Applications. 1985. Vol. 77. P. 301-313
- Koshlan T.V., Kulikov K.G. Mathematical Modeling of Protein Complexes. Springer-Nature, 2018. P. 367
- Ku B., Liang C., Jung J.U., Oh B.H., Bonsu Ku., Chengyu L., Jae U.J., Byung-Ha O. // Cell Research. 2011. Vol. 21. P. 627-641
- Тырсин А.Н., Калев О.Ф., Яшин Д.А., Лебедева О.В. // Математическая биология и биоинформатика. 2015. Т. 10. N 1. С. 206-219
- Автореф. канд. дис. Лебедева О.В. Энтропийное моделирование динамики многомерных стохастических систем. Челябинск, 2015
- Cover T.M., Thomas J.A. Elements of Information Theory. NY.: Wiley, 1991. 563 p.
Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.
Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.
