"Журнал технической физики"
Издателям
Вышедшие номера
Метод поиска пиков размерного стандарта при фрагментном анализе ДНК
Переводная версия: 10.1134/S1063784218090244
ФАНО России, Разработка программного обеспечения для генетической экспертизы сортов и сортообразцов картофеля, № 007-02-2014 от 28.11.2017
Заруцкий И.В.1,2, Манойлов В.В.1,2, Самсонова Н.С.1,3, Петров А.И.1, Курочкин В.Е.1, Леонтьев И.А.1, Алексеев Я.И.4,5
1Институт аналитического приборостроения Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
2Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО), Санкт-Петербург, Россия
3Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе РАН, Санкт-Петербург, Россия
4ООО "Синтол", Москва, Россия
5Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии, Москва, Россия
Email: IgorZV@yandex.ru, manoilov_vv@mail.ru, kolomna.88@mail.ru, fataip@mail.ru, lavrovas@yandex.ru , igor.leontev@tutanota.com
Поступила в редакцию: 27 декабря 2017 г.
Выставление онлайн: 20 августа 2018 г.

Фрагментный анализ ДНК методом капиллярного гель-электрофореза является эффективным инструментом изучения структуры ДНК, имеющим множество областей применения, в частности для генетической экспертизы сортов и сортообразцов ряда важнейших сельскохозяйственных культур. Фрагментный анализ ДНК проводится в несколько этапов. Этап обработки результатов исследования включает процедуру обнаружения пиков стандартных фрагментов ДНК. В работе перечислены особенности спектра распределения стандартных фрагментов ДНК, приводящие к необходимости разработки нового метода поиска пиков стандарта. Предложен метод их поиска, основанный на сопоставлении совокупности стандартных длин фрагментов ДНК и спектральных пиков. Описан алгоритм, реализующий этот метод. Также подробно рассмотрен критический этап алгоритма --- выбор порога для процедуры обнаружения пиков в спектре. Перечислены достоинства и недостатки метода, приведены результаты тестирования.
  1. Watson J., Crick F. // Nature. 1953. Vol 171. N 4356. P. 737--738
  2. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962. 8.38.3 https://www.nobelprize.org/nobel\_prizes/medicine/laureates/1962/
  3. Crick F.H., Barnett L., Brenner S., Watts-Tobin R.J. // Nature. 1961. Vol. 192. N 4809. P. 1227--1232
  4. Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. М.: Просвещение, 1987. 816 с
  5. Blackburn M.G. Nucleic Acids in Chemistry And Biology. Great Britain: Royal Society of Chemistry, 2006. P. 168
  6. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1977. Vol. 74. N 12. P. 5463--5467
  7. Fiers W., Contreras R., Haegemann G., Rogiers R., Van de Voorde A., Van Heuverswyn H., Van Herreweghe J., Volckaert G., Ysebaert M. // Nature. 1978. Vol. 273. N 5658. P. 113--120
  8. Reddy V.B., Thimmappaya B., Dhar R., Subramanian K.N., Zain B.S., Pan J., Ghosh P.K., Celma M.L., Weissman S.M. // Science. 1978. Vol. 200. N 4341. P. 494--502
  9. Nunnally B.K., He H., Li L.C., Tucker S.A., McGown L.B. // Anal. Chem. 1997. Vol. 69. N 13. P. 2392--2397
  10. Bergot B.J., Chakerian V., Connell C.R., Eadie J.S., Fung S., Hershey N.D., Lee L.G., Menchen S.M., Woo S.L. Patent 5366860. US. 1989
  11. Lee L.G., Spurgeon S.L., Heiner C.R., Benson S.C., Rosenblum B.B., Menchen S.M., Graham R.J., Constantinescu A., Upadhya K.G., Cassel J.M. // Nucl. Acid. Res. 1997. Vol. 25. N 14. P. 2816--2822
  12. Menchen S.M., Lee L.G., Connell C.R., Hershey N.D., Chakerian A., Woo S., Fung S. Patent 5188934. US. 1993
  13. Rosenblum B.B., Lee L.G., Spurgeon S.L., Khan S.H., Menchen S.M., Heiner C.R., Chen S.M. // Nucl. Acid. Res. 1997. Vol. 25. N 22. P. 4500--4504
  14. Ju J., Ruan C., Fuller C.W., Glazer A.N., Mathies R.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. Vol. 92. N 10. P. 4347--4351
  15. Mujumdar R.B., Ernst L.A., Mujumdar S.R., Lewis C.J. // Bioconjugate Chem. 1993. Vol. 4. N 2. P. 105--111
  16. Tu O., Knott T., Marsh M., Bechtol K., Harris D., Barker D., Bashkin J. // Nucl. Acid. Res. 1998. Vol. 26. N 11. P. 2797--2802
  17. Tabor S., Richardson C.C.A. // Proc. Natl. Acad. Sc.i USA. 1995. Vol. 92. N 14. P. 6339--6343
  18. Белов Д.А., Белов Ю.В., Манойлов В.В., Курочкин В.Е. // Научное приборостроение. 2014. Т. 24. Вып. 3. С. 87--91
  19. Заруцкий И.В., Манойлов В.В. // Научное приборостроение. 2007. Т. 17. Вып. 1. С. 115--120
  20. Манойлов В.В., Заруцкий И.В. // Научное приборостроение. 2002. Т. 12. Вып. 3. С. 38--46
  21. Манойлов В.В., Заруцкий И.В. // Научное приборостроение. 2009. Т. 19. Вып. 3. С. 35--40
  22. Кук Ч., Бернфельд М. Радиолокационные сигналы / Пер. с англ. под ред. В.С. Кельзона. М.: Сов. pадио, 1971. 568 c

Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.