Вышедшие номера
Метод поиска пиков размерного стандарта при фрагментном анализе ДНК
Переводная версия: 10.1134/S1063784218090244
ФАНО России, Разработка программного обеспечения для генетической экспертизы сортов и сортообразцов картофеля, № 007-02-2014 от 28.11.2017
Заруцкий И.В.1,2, Манойлов В.В.1,2, Самсонова Н.С.1,3, Петров А.И.1, Курочкин В.Е.1, Леонтьев И.А.1, Алексеев Я.И.4,5
1Институт аналитического приборостроения Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
2Университет ИТМО, Санкт-Петербург, Россия
3Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе РАН, Санкт-Петербург, Россия
4ООО "Синтол", Москва, Россия
5Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии, Москва, Россия
Email: IgorZV@yandex.ru, manoilov_vv@mail.ru, kolomna.88@mail.ru, fataip@mail.ru, lavrovas@yandex.ru , igor.leontev@tutanota.com
Поступила в редакцию: 27 декабря 2017 г.
Выставление онлайн: 20 августа 2018 г.

Фрагментный анализ ДНК методом капиллярного гель-электрофореза является эффективным инструментом изучения структуры ДНК, имеющим множество областей применения, в частности для генетической экспертизы сортов и сортообразцов ряда важнейших сельскохозяйственных культур. Фрагментный анализ ДНК проводится в несколько этапов. Этап обработки результатов исследования включает процедуру обнаружения пиков стандартных фрагментов ДНК. В работе перечислены особенности спектра распределения стандартных фрагментов ДНК, приводящие к необходимости разработки нового метода поиска пиков стандарта. Предложен метод их поиска, основанный на сопоставлении совокупности стандартных длин фрагментов ДНК и спектральных пиков. Описан алгоритм, реализующий этот метод. Также подробно рассмотрен критический этап алгоритма - выбор порога для процедуры обнаружения пиков в спектре. Перечислены достоинства и недостатки метода, приведены результаты тестирования.