"Журнал технической физики"
Издателям
Вышедшие номера
Метод поиска пиков размерного стандарта при фрагментном анализе ДНК
Переводная версия: 10.1134/S1063784218090244
ФАНО России, Разработка программного обеспечения для генетической экспертизы сортов и сортообразцов картофеля, № 007-02-2014 от 28.11.2017
Заруцкий И.В.1,2, Манойлов В.В.1,2, Самсонова Н.С.1,3, Петров А.И.1, Курочкин В.Е.1, Леонтьев И.А.1, Алексеев Я.И.4,5
1Институт аналитического приборостроения Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
2Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО), Санкт-Петербург, Россия
3Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе РАН, Санкт-Петербург, Россия
4ООО "Синтол", Москва, Россия
5Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии, Москва, Россия
Email: IgorZV@yandex.ru, manoilov_vv@mail.ru, kolomna.88@mail.ru, fataip@mail.ru, lavrovas@yandex.ru , igor.leontev@tutanota.com
Поступила в редакцию: 27 декабря 2017 г.
Выставление онлайн: 20 августа 2018 г.

Фрагментный анализ ДНК методом капиллярного гель-электрофореза является эффективным инструментом изучения структуры ДНК, имеющим множество областей применения, в частности для генетической экспертизы сортов и сортообразцов ряда важнейших сельскохозяйственных культур. Фрагментный анализ ДНК проводится в несколько этапов. Этап обработки результатов исследования включает процедуру обнаружения пиков стандартных фрагментов ДНК. В работе перечислены особенности спектра распределения стандартных фрагментов ДНК, приводящие к необходимости разработки нового метода поиска пиков стандарта. Предложен метод их поиска, основанный на сопоставлении совокупности стандартных длин фрагментов ДНК и спектральных пиков. Описан алгоритм, реализующий этот метод. Также подробно рассмотрен критический этап алгоритма --- выбор порога для процедуры обнаружения пиков в спектре. Перечислены достоинства и недостатки метода, приведены результаты тестирования.
  • Watson J., Crick F. // Nature. 1953. Vol 171. N 4356. P. 737--738
  • The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962. 8.38.3 https://www.nobelprize.org/nobel\_prizes/medicine/laureates/1962/
  • Crick F.H., Barnett L., Brenner S., Watts-Tobin R.J. // Nature. 1961. Vol. 192. N 4809. P. 1227--1232
  • Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. М.: Просвещение, 1987. 816 с
  • Blackburn M.G. Nucleic Acids in Chemistry And Biology. Great Britain: Royal Society of Chemistry, 2006. P. 168
  • Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1977. Vol. 74. N 12. P. 5463--5467
  • Fiers W., Contreras R., Haegemann G., Rogiers R., Van de Voorde A., Van Heuverswyn H., Van Herreweghe J., Volckaert G., Ysebaert M. // Nature. 1978. Vol. 273. N 5658. P. 113--120
  • Reddy V.B., Thimmappaya B., Dhar R., Subramanian K.N., Zain B.S., Pan J., Ghosh P.K., Celma M.L., Weissman S.M. // Science. 1978. Vol. 200. N 4341. P. 494--502
  • Nunnally B.K., He H., Li L.C., Tucker S.A., McGown L.B. // Anal. Chem. 1997. Vol. 69. N 13. P. 2392--2397
  • Bergot B.J., Chakerian V., Connell C.R., Eadie J.S., Fung S., Hershey N.D., Lee L.G., Menchen S.M., Woo S.L. Patent 5366860. US. 1989
  • Lee L.G., Spurgeon S.L., Heiner C.R., Benson S.C., Rosenblum B.B., Menchen S.M., Graham R.J., Constantinescu A., Upadhya K.G., Cassel J.M. // Nucl. Acid. Res. 1997. Vol. 25. N 14. P. 2816--2822
  • Menchen S.M., Lee L.G., Connell C.R., Hershey N.D., Chakerian A., Woo S., Fung S. Patent 5188934. US. 1993
  • Rosenblum B.B., Lee L.G., Spurgeon S.L., Khan S.H., Menchen S.M., Heiner C.R., Chen S.M. // Nucl. Acid. Res. 1997. Vol. 25. N 22. P. 4500--4504
  • Ju J., Ruan C., Fuller C.W., Glazer A.N., Mathies R.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. Vol. 92. N 10. P. 4347--4351
  • Mujumdar R.B., Ernst L.A., Mujumdar S.R., Lewis C.J. // Bioconjugate Chem. 1993. Vol. 4. N 2. P. 105--111
  • Tu O., Knott T., Marsh M., Bechtol K., Harris D., Barker D., Bashkin J. // Nucl. Acid. Res. 1998. Vol. 26. N 11. P. 2797--2802
  • Tabor S., Richardson C.C.A. // Proc. Natl. Acad. Sc.i USA. 1995. Vol. 92. N 14. P. 6339--6343
  • Белов Д.А., Белов Ю.В., Манойлов В.В., Курочкин В.Е. // Научное приборостроение. 2014. Т. 24. Вып. 3. С. 87--91
  • Заруцкий И.В., Манойлов В.В. // Научное приборостроение. 2007. Т. 17. Вып. 1. С. 115--120
  • Манойлов В.В., Заруцкий И.В. // Научное приборостроение. 2002. Т. 12. Вып. 3. С. 38--46
  • Манойлов В.В., Заруцкий И.В. // Научное приборостроение. 2009. Т. 19. Вып. 3. С. 35--40
  • Кук Ч., Бернфельд М. Радиолокационные сигналы / Пер. с англ. под ред. В.С. Кельзона. М.: Сов. pадио, 1971. 568 c
  • Подсчитывается количество просмотров абстрактов ("html" на диаграммах) и полных версий статей ("pdf"). Просмотры с одинаковых IP-адресов засчитываются, если происходят с интервалом не менее 2-х часов.

    Дата начала обработки статистических данных - 27 января 2016 г.